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实验技术

基因组大小分析服务

来源：本站作者：admin 时间：2020-9-18

基因组大小分析服务

生物单倍体基因组中DNA总量，以基因组的碱基对来表示。在真核生物中，每种生物的单倍体基因组的DNA总量是恒定的，称之为C值，C值反映了生物物种全部和特定的遗传信息。不同物种的C值差别很大。

对于C值检测的意义：1、与微卫星的扩增效率相关；2、作为细胞核大小、花粉粒直径等表型的预示值, 基因组大小与细胞核大小、花粉直径等表型性状成正相关；3、作为生态与环境的预示值，C值与植物的生活史、地理分布、物候期、单位面积生物量、对生长环境的敏感度

（如温度和湿度的变化）等紧密相关，还能预测长期的变化（诸如全球变暖）所引起的植被改变；4、利用推断的C值来揭示古生物学的趋势，例如，根据化石细胞的大小，可以推断化石的DNA含量。在植物化石中，气孔保卫细胞的大小也可以用来估计DNA含量，进而寻求C值的进

化趋势；5、C 值对物种保育具有重要的意义，大基因组的物种往往存在更大的灭绝风险。

目前基因组大小的精确测定只能采用测序法，由于实验样本数量大、测序费用高、实验操作难度大，让很多研究者望而却步，使得实验局限性很大。流式细胞术（FCM）则解决了这些弊端，同时还具备制样方法简便、检测速度快且结果较为准确等优点，因此被广泛用于测定物

种的基因组大小。

基因组大小检测的要点

1、基因组大小的计算必须有一个适合的内参，参照物植物的基因组大小应该在待测样本的0.7到2.5倍范围内，并且应使用低中高三个范围的参照物。

2、已知物种基因组大小的查询网址：http://data.kew.org/cvalues/。

3、样本基因组大小=待测样本的峰值/参照物的峰值*参照物基因组大小（pg/Mb）。

实验原理

首先需要裂解液将组织中细胞核释放出来，并打开DNA链，然后用PI染液将细胞核DNA染色，再用仪器检测细胞核里被染色的DNA发出的荧光强度。结果的横坐标表示荧光强度，纵坐标表示细胞数量，通常来说，信号峰高说明信号比较好，杂质少。

使用Sysmex-Partec CyFlow Ploidy Analyser对植株基因组大小进行预测(Jaroslav et.al. 2007)

从平均荧光强度可知，a.姜黄沙枣(Curcuma angustifolia) (sample G1)的基因组是已知标准品大豆(Glycine max)(standard G1, 2C=2.50pg DNA)基因组的0.847倍，据此可算出姜黄沙枣的基因组大小约为2.12pg；b.橙黄山柳菊(Hieracium aurantiacum)(Sample G1)的基因组大小是标准品玉米(Zea mays)(Standard G1, 2C=5.43pg)的1.44倍，据此可算出橙黄山柳菊的基因组大小约为7.82pg。

实验仪器设备及方法

吉源生物采用配置532nm绿色激光的Sysmex-Partec CyFlow Ploidy Analyser，搭配Sysmex CyStain PI基因组大小检测试剂盒，仅需半小时，即可完成基因组大小预估。实验基本步骤如下：