基因组大小分析服务

基因组大小分析服务


      生物单倍体基因组中DNA总量,以基因组的碱基对来表示。在真核生物中,每种生物的单倍体基因组的DNA总量是恒定的,称之为C值,C值反映了生物物种全部和特定的遗传信息。不同物种的C值差别很大。


      对于C值检测的意义:1、与微卫星的扩增效率相关;2、作为细胞核大小、花粉粒直径等表型的预示值,  基因组大小与细胞核大小、花粉直径等表型性状成正相关;3、作为生态与环境的预示值,C值与植物的生活史、地理分布、物候期、单位面积生物量、对生长环境的敏感度

(如温度和湿度的变化)等紧密相关,还能预测长期的变化(诸如全球变暖)所引起的植被改变;4、利用推断的C值来揭示古生物学的趋势,例如,根据化石细胞的大小,可以推断化石的DNA含量。在植物化石中,气孔保卫细胞的大小也可以用来估计DNA含量,进而寻求C值的进

化趋势;5、C 值对物种保育具有重要的意义,大基因组的物种往往存在更大的灭绝风险。

      目前基因组大小的精确测定只能采用测序法,由于实验样本数量大、测序费用高、实验操作难度大,让很多研究者望而却步,使得实验局限性很大。流式细胞术(FCM)则解决了这些弊端,同时还具备制样方法简便、检测速度快且结果较为准确等优点,因此被广泛用于测定物

种的基因组大小。


基因组大小检测的要点

1、基因组大小的计算必须有一个适合的内参,参照物植物的基因组大小应该在待测样本的0.7到2.5倍范围内,并且应使用低中高三个范围的参照物。

2、已知物种基因组大小的查询网址:http://data.kew.org/cvalues/

3、样本基因组大小=待测样本的峰值/参照物的峰值*参照物基因组大小(pg/Mb)。


实验原理

      首先需要裂解液将组织中细胞核释放出来,并打开DNA链,然后用PI染液将细胞核DNA染色,再用仪器检测细胞核里被染色的DNA发出的荧光强度。结果的横坐标表示荧光强度,纵坐标表示细胞数量,通常来说,信号峰高说明信号比较好,杂质少。

      使用Sysmex-Partec CyFlow Ploidy Analyser对植株基因组大小进行预测(Jaroslav et.al. 2007)

      从平均荧光强度可知,a.姜黄沙枣(Curcuma angustifolia) (sample G1)的基因组是已知标准品大豆(Glycine max)(standard G1, 2C=2.50pg DNA)基因组的0.847倍,据此可算出姜黄沙枣的基因组大小约为2.12pg;b.橙黄山柳菊(Hieracium aurantiacum)(Sample G1)的基因组大小是标准品玉米(Zea mays)(Standard G1, 2C=5.43pg)的1.44倍,据此可算出橙黄山柳菊的基因组大小约为7.82pg。


实验仪器设备及方法

      吉源生物采用配置532nm绿色激光的Sysmex-Partec CyFlow Ploidy Analyser,搭配Sysmex CyStain PI基因组大小检测试剂盒,仅需半小时,即可完成基因组大小预估。实验基本步骤如下:




部分实验结果展示


水稻和睡莲混合检测结果


番茄和半枝莲混合检测结果


纹海马和日本海马混合检测结果



水稻和番木瓜混合检测结果



基因组大小分析服务范围


   C值检测

   生态学(特异种群的DNA变化)

   分类学(创建植物DNA数据库)

   杂交育种(植物、鱼、贝类)

   基因组分类

   遗传毒性物质的作用

   生理学或者农业学特性的鉴定

   早期阶段的性别鉴定(植物、家禽精子)


样品准备


植物样品准备:叶片的新鲜程度直接影响实验结果。由于次生代谢产物的影响,会导致信号峰过宽,甚至检测不到信号峰的情况。嫩叶的选择要选取新鲜、完全舒展开、无虫咬、无枯萎、分裂不活跃的部位实验结果:

鱼类样品准备:大鱼可以取血液样本检测,或者取鱼组织检测,切取0.5cm2大小的新鲜鱼肉即可。

贝类样品准备:贝类大样本可以直接撬开贝壳,取贝的新鲜组织作为样本。贝类幼苗需要收集刚孵化2-3天内的浮游状态的幼苗。


如有实验服务需求,请联系我司,我们将为您提供准确、可靠的实验解决方案!


姜经理:15602309098

郭经理:13380084392                            

邮   箱:jiangyan@geneunion.com

地   址:广州市黄埔区锐丰中心2栋716房


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