Sysmex-Partec流式细胞仪，你不知道的那些事--系列二：植物C值检测
来源：本站 作者：admin 时间：2019/1/8
【What】
C值是指物种单倍体或配子所含的DNA量，单位为pg(picogram)或Mb(million base pair), 而1pg相当于978 Mb。
【Why】
对于C值检测的意义：
1、与微卫星的扩增效率相关；
2、作为细胞核大小、花粉粒直径等表型的预示值, 基因组大小与细胞核大小、花粉直径等表型性状成正相关；
3、作为生态与环境的预示值, C值与植物的生活史、地理分布、物候期、单位面积生物量、对生长环境的敏感度（如温度和湿度的变化）等紧密相关，还能预测长期的变化（诸如全球变暖）所引起的植被改变；
4、利用推断的C值来揭示古生物学的趋势，例如, 根据化石细胞的大小，可以推断化石的DNA含量。在植物化石中，气孔保卫细胞的大小也可以用来估计DNA含量，进而寻求C值的进化趋势；
5、C 值对物种保育具有重要的意义，大基因组的物种往往存在更大的灭绝风险。
【How】
关于基因组大小实验说明
1、基因组大小的计算必须有一个适合的内参，因为外参对于样本的精确检测提供了过于大的样本变化。
2、参照物植物的基因组大小应该在待测样本的0.7到2.5倍范围内，否则样本的的线性不准确度会增加，并且要使用低中高三个范围的参照物。
3、已知物种基因组大小的查询网址：http://data.kew.org/cvalues/
4、样本基因组大小=待测样本的峰值/参照物的峰值*参照物基因组大小（pg/Mb）
流式细胞仪检测基因组大小的步骤
1、各取50mg内参和待测植物组织，放入培养皿中
2、加入500ul核裂解液
3、使用锋利刀片切碎组织，约30—60s
4、室温条件下孵育2—15min
5、使用CellTrics®过滤器过滤样本
6、加入含有RNA酶的PI染色液，根据样本的不同，室温避光孵育30—60min
7、使用有488nm或者532nm激光光源的流式细胞仪检测；
8、计算基因组大小，流式结果如下：
|
Peak |
Index |
Mean |
Area |
Area% |
CV% |
ChiSqu |
|
1 |
1.000 |
98.29 |
1084 |
77.36 |
2.45 |
0.27 |
|
2 |
1.378 |
135.48 |
317 |
22.64 |
1.61 |
0.27 |
公式：样本基因组大小=135.48/98.29*参照物基因组大小（pg）
注意事项：
1、处理易褐变的材料时，即植物组织含较单宁类、多酚类次级代谢产物，可在染色过程中增加0.5 - 2 % (p/v)PVP-10/20 和/或0.01 % (p/v)的柠檬酸，pH 调节到4.5；
2、可使用其他低水平次级代谢产物的组织（叶柄,、花部、种子等缺乏活力的组织）
常用试剂盒：
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货号 |
英文名称 |
中文名称 |
测试数 |
|
05-5022 |
CyStain® PI Absolute P |
PI精确P试剂盒 |
250 tests |
|
05-5022-S |
CyStain® PI Absolute P |
PI精确P试剂盒(小) |
50 tests |
|
05-5023 |
CyStain® PI Absolute T |
PI精确T试剂盒 |
250 tests |
可供检测机型：
|
机型 |
配置（以下均可配备自动进样器） |
备注 |
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CyFlow Ploidy Analyser |
532nm激光器 |
适用于PI试剂盒 |
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CyFlow Cube6 |
488nm激光器 |
适用于PI试剂盒 |
|
CyFlow Cube8 |
488nm激光器 |
适用于PI试剂盒 |
|
CyFlow Space |
488nm或532nm激光器 |
适用于PI试剂盒 |
